（1）在承包人完成累計(jì)金額達(dá)到合同總價(jià)一定比例（雙方合同約定）后，采用等比率或等額扣款的方式分期抵扣。
也可針對(duì)工程實(shí)際情況具體處理，如有些工程工期較短、造價(jià)較低，就無(wú)需分期扣還；
有些工期較長(zhǎng)，如跨年度工程，其預(yù)付款的占用時(shí)間很長(zhǎng)，根據(jù)需要可以少扣或不扣。
（2）從未完施工工程尚需的主要材料及構(gòu)件的價(jià)值相當(dāng)于工程預(yù)付款數(shù)額時(shí)起扣，從每次中間結(jié)算工程價(jià)款中，按材料及構(gòu)件比重抵扣工程預(yù)付款，至竣工之前全部扣清。
其中，起扣點(diǎn)的計(jì)算公式如下：
t=p-m/n式中t——起扣點(diǎn)，即工程預(yù)付備料款開始扣回時(shí)的累計(jì)已完成工程價(jià)值；
m——工程預(yù)付款數(shù)額；
n——主要材料及構(gòu)件所占比重；
p——承包工程合同總額。
《建設(shè)工程合同司法解釋》
第二十條
當(dāng)事人約定，發(fā)包人收到竣工結(jié)算文件后，在約定期限內(nèi)不予答復(fù)，視為認(rèn)可竣工結(jié)算文件的，按照約定處理。承包人請(qǐng)求按照竣工結(jié)算文件結(jié)算工程價(jià)款的，應(yīng)予支持。