單位追討工程款注意事項包括：
1、注意當事人訴訟主體資格的證據(jù)；
2、搜集證明建設工程合同關(guān)系成立的證據(jù)；
3、注意收集能夠證明建設工程合同履行情況的證據(jù)；
4、因建設單位拖欠工程款，施工單位在起訴時可依據(jù)建設工程施工合同的約定要求對方承擔違約金；若合同沒有違約金條款，可要求對方支付一定金額的逾期付款利息。
法律依據(jù)：
《最高人民法院關(guān)于審理建設工程施工合同糾紛若干題目的解釋》第20條規(guī)定：
當事人約定，發(fā)包人收到竣工結(jié)算文件后，在約定期限內(nèi)不予答復，視為認可竣工結(jié)算文件的，按照約定處理。承包人請求按照竣工結(jié)算文件結(jié)算工程價款的，應予支持。