液相色譜柱是消耗品，隨著使用時間的增長與使用次數的增加，色譜柱的效果會下降。此時需要對色譜柱進行清潔與再生，保證檢測的效果。同樣，色譜柱的保存也會影響使用壽命與使用效果。在使用完成之后須特別注意。
色譜柱的再生
反相柱
1.準備95：5的濃甲醇水溶液、純甲醇、異丙醇與二氯甲烷作為流動相；
2.按順序沖洗色譜柱，每種流動相流經色譜柱的量應不少于20～30倍色譜柱體積；
3.按相反的順序沖洗。
正相柱
1.準備正己烷、異丙醇、二氯甲烷與甲醇作為流動相，所有流動相必須嚴格脫水；
2.按順序沖洗色譜柱，每種流動相流經色譜柱的量應不少于20～30倍色譜柱體積，異丙醇粘度大，沖洗時應注意放慢流速；
3.按相反的順序沖洗。
離子交換柱
1.陽離子柱的再生可采用稀酸緩沖溶液沖洗；
2.陰離子柱的再生可采用稀堿緩沖溶液沖洗。
注意：以上的再生方法不是不可變通的，實際操作中，使用者可按照自身情況選擇合適的溶劑作流動相溶解色譜柱內的污染物。但無論用什么方法再生，色譜柱都不能恢復原來的效果。
色譜柱的保存
反相柱：儲存于純甲醇或乙腈中；
正相柱：儲存于純正己烷中，注意須嚴格脫水；
離子交換柱：儲存于含防腐劑*或柳硫汞的水中，并用塑料堵頭堵上。
注意：若色譜柱使用過含鹽濃度較高的流動相，則須用超純水替換原來的流動相再選擇合適的溶液儲存。