金橘的常見病害為根腐病，大多是由于土壤清水引起的，盆栽者爛根的比較多，宜注意排除地下水，盆栽時宜苗盆相稱，盆土不能過濕，以增強(qiáng)樹勢，減少發(fā)病率。初發(fā)生時，可適當(dāng)節(jié)水、排水；嚴(yán)重時很難恢復(fù)，可及早除去病株，加強(qiáng)鍵株的管理。其他病害有炭疽病、樹脂病，但較少發(fā)生，可按一般植物的病害預(yù)防措施，經(jīng)常噴灑波爾多液、800信代森銨、2000倍甲基拖布津等藥劑預(yù)防。
金橘常見的害蟲有紅、黃蜘蛛刺吸枝葉樹液， 6－9月發(fā)生最盛，嚴(yán)重?fù)p傷樹勢，可噴布波美0.3度石硫合劑，或1000倍40％樂果乳劑加800倍80％敵敵畏乳劑，或50三氯殺螨礬可濕性粉1500倍液，共3－4次，每半月一次，連續(xù)預(yù)防，效果顯著。
另外，有一種潛葉蛾廣泛危害柑桔的嫩枝嫩葉，金橘也易遭受其危害，以夏、秋梢發(fā)生期危害最盛，可在新梢萌發(fā)一厘米長時，噴射生物農(nóng)藥蘇云金桿菌或殺瞑桿菌的1000倍液，效果特佳，且可防止果實(shí)污染。