含有害離子的肥料氯化銨、氯化鉀化肥，含有大量有害的氯離子，施入土壤后產(chǎn)生水溶性化合物，會燒種燒苗；硝酸銨、硝酸鉀等肥料，含有硝酸根離子，對種子發(fā)芽有嚴(yán)重影響，故不宜用作種肥。
含毒害作用的肥料尿素中含有2％左右的羧二尿，對種子和幼苗會產(chǎn)生毒害作用。而且含氮量高的尿素分子也會滲入種子蛋白質(zhì)分子結(jié)構(gòu)中使蛋白質(zhì)變性，對種子和幼根產(chǎn)生毒害。
含揮發(fā)腐蝕性的肥料碳銨、氨水等，有強(qiáng)烈的揮發(fā)性，易熏傷種子和幼苗。普鈣含有5％以上的游離態(tài)硫酸和磷酸，對種子發(fā)芽和幼苗生長會產(chǎn)生危害，一般不作種肥。