遲到曠工扣工資不合法，用人單位與勞動者簽訂的勞動合同中有相關約定遲到要扣工資并告知勞動者的，扣工資合法。員工遲到早退曠工嚴重違反用人單位的時候，可以辭退。
一、遲到曠工扣工資合法嗎
遲到曠工扣工資不合法。如果用人單位已依法在規(guī)章制度中，明確上班遲到早退要扣工資，且規(guī)章制度已進行公開公示并告知員工的，那么出現(xiàn)上班遲到早退扣錢是合法的。員工無正當理由遲到，因為遲到導致用人單位經(jīng)濟損失的，用人單位就可以對員工的工資進行懲罰性的扣除，除此之外，勞動者還應當賠償損失，用人單位也可以與勞動者解除勞動合同。
二、員工遲到早退曠工可以辭退嗎
員工遲到早退曠工，如果嚴重違反了用人單位規(guī)章制度的，可以辭退。勞動者有下列情形之一的，用人單位可以辭退：嚴重違反用人單位的規(guī)章制度的；在試用期間被證明不符合錄用條件的；被依法追究刑事責任的；嚴重失職，營私舞弊，給用人單位造成重大損害的；其他。
《中華人民共和國勞動合同法》第三十九條 勞動者有下列情形之一的，用人單位可以解除勞動合同：
（一）在試用期間被證明不符合錄用條件的；
（二）嚴重違反用人單位的規(guī)章制度的；
（三）嚴重失職，營私舞弊，給用人單位造成重大損害的；
（四）勞動者同時與其他用人單位建立勞動關系，對完成本單位的工作任務造成嚴重影響，或者經(jīng)用人單位提出，拒不改正的；
（五）因本法第二十六條第一款第一項規(guī)定的情形致使勞動合同無效的；
（六）被依法追究刑事責任的。
三、遲到多久算曠工
遲到多久算曠工具體要按公司的規(guī)章制度來看。所謂曠工，就是指勞動者未經(jīng)請假即缺勤，缺勤就是勞動者應到卻未到崗工作。判斷勞動者是否到崗工作并不以是否有考勤記錄作為唯一標準，關鍵在于是否到崗工作、是否應出勤而未出勤。
在《勞動法》中沒有規(guī)定曠工多少天算自動離職，只有用人單位在制定的規(guī)章制度里或者勞動合同里有注明，得看簽訂合同的情況。