自然陳化的過程中，普洱茶的內含物在氧氣、微生物、茶葉內活性酶等作用之下，發(fā)生的一系列的氧化、聚合、分解等生化反應，其物質構成、含量都發(fā)生顯著的改變，從而使得普洱茶的滋味、功效都隨之發(fā)生改變。
而其中最為主要的物質轉化和其成分變化分別是六種，即：茶多酚、兒茶素、氨基酸、總糖、蛋白質、芳香物質。
1、茶多酚在普洱茶存貯過程中的變化
普洱茶中有許多性質活潑、易被氧化的物質，茶多酚正是其中最為典型的物質之一，并且茶多酚與茶葉的湯色、滋味、香氣都有密切關系。
經過存儲實踐表明，普洱生茶在存儲過程之中，茶多酚會發(fā)生氧化聚合反應，生成茶紅素、茶褐素等物質，使得茶湯色澤、滋味功效都發(fā)生改變。
隨著存儲期限的增加，茶多酚會逐步氧化聚合，轉化其他物質，使得茶湯湯色會隨之越來越紅潤，滋味由苦澀變的甜潤醇和。
2、兒茶素在普洱茶存貯過程中的變化
兒茶素是茶多酚的主要成分，占茶多酚總量的60—80%。其對人體有較佳的保健功效，有助于清除人體多余自由基，一定程度上有抑制人體衰老的功效。
兒茶素含量和種類會隨著存儲期限和存儲溫度而發(fā)生改變，總含量呈下降趨勢。并且存儲期限越長其轉化量越大，溫度越高轉化越快。
3、氨基酸在普洱茶存貯過程中的變化
氨基酸不但是影響茶湯滋味的重要物質之一，而且也對茶湯色澤有較為明顯的影響，其含量越高茶葉品質越好。
在存儲過程之中，普洱茶內氨基酸含量隨著存儲期限的增長也會發(fā)生顯著的變化，且溫度越高氨基酸含量下降幅度越大。
所以在溫度超過35攝氏度的環(huán)境中存儲，普洱茶氨基酸含量下降幅度較大，不利于茶葉品質的提升。
4、總糖在普洱茶存貯過程中的變化
總糖是普洱茶內糖類物質的總稱，總糖的轉變，對茶葉湯色滋味有直接性影響，是決定茶湯甜味的主要物質，并且還間接影響茶葉香氣。
隨著存儲期限的增加，茶葉內不溶性糖類物質如纖維素等，在微生物、活性水解酶的作用下，分解為諸如果膠等，可溶性糖類物質，從而使得茶湯可溶性總糖含量升高，茶湯滋味口感也隨之提升，變的更為甜淳柔滑。
5、蛋白質在普洱茶存貯過程中的變化
蛋白質是人體必需的六大營養(yǎng)素之一，在普洱茶存儲過程之中，其蛋白質含量也隨之發(fā)生改變，并且隨存儲期限的增加，茶湯內可溶性蛋白質含量逐步增加，從而使得普洱茶對人體的保健功效提升。
6、芳香物質在普洱茶存貯過程中的變化
茶葉內芳香物質決定茶葉的香氣類型及其品質，在存儲過程之中芳香物質也隨之發(fā)生顯著改變，有的芳香物質含量隨著存儲期限增加而降低乃至消失。
也有一部分的芳香物質，會隨著存儲期限增加其含量也隨之增加，最為典型的就是決定普洱茶陳香的芳香物質隨之提升。
實踐證明，普洱茶在35攝氏度以下環(huán)境中存儲，更有利于其香氣品質的提高。