綜合工時(shí)制加班費(fèi)的計(jì)算方法根據(jù)具體的加班時(shí)間的不同而有所不同，如在工作日的加班費(fèi)為不低于勞動(dòng)者本人小時(shí)工資標(biāo)準(zhǔn)的150%進(jìn)行支付。加班費(fèi)的計(jì)算基數(shù)的確定方式有，如果勞動(dòng)合同有約定的則以勞動(dòng)合同上約定的本人工資為準(zhǔn)等。
一、綜合工時(shí)制加班費(fèi)怎么計(jì)算
綜合工時(shí)制加班費(fèi)的計(jì)算方法：工作日的加班費(fèi)按照不低于勞動(dòng)者本人小時(shí)工資標(biāo)準(zhǔn)的150%支付；休息日按照不低于勞動(dòng)者本人小時(shí)工資標(biāo)準(zhǔn)的200%支付；法定節(jié)假日則支付不低于工資300%的報(bào)酬。
法律依據(jù)：
《中華人民共和國(guó)勞動(dòng)法》第四十四條規(guī)定，有下列情形之一的，用人單位應(yīng)當(dāng)按照下列標(biāo)準(zhǔn)支付高于勞動(dòng)者正常工作時(shí)間工資的工資報(bào)酬：
（一）安排勞動(dòng)者延長(zhǎng)時(shí)間的，支付不低于工資的百分之一百五十的工資報(bào)酬；
（二）休息日安排勞動(dòng)者工作又不能安排補(bǔ)休的，支付不低于工資的百分之二百的工資報(bào)酬；
（三）法定休假日安排勞動(dòng)者工作的，支付不低于工資的百分之三百的工資報(bào)酬。
二、加班費(fèi)的計(jì)算基數(shù)怎么確定
加班費(fèi)的計(jì)算基數(shù)的確定方式如下：
1.按照勞動(dòng)合同約定的勞動(dòng)者本人工資標(biāo)準(zhǔn)確定；
2.沒(méi)有約定的，按集體合同約定的加班工資基數(shù)確定；
3.勞動(dòng)合同、集體合同均未約定的，可按勞動(dòng)者本人所在崗位（職位）正常出勤的月工資的70%確定。
三、加班費(fèi)要扣稅嗎
加班費(fèi)要扣稅。加班工資屬于員工正常的薪資，并不屬于國(guó)家統(tǒng)一規(guī)定的免稅項(xiàng)目，所以加班費(fèi)應(yīng)當(dāng)計(jì)入個(gè)稅起征點(diǎn)，即并入當(dāng)月的工薪收入的個(gè)人所得稅，進(jìn)行依法納稅。
法律依據(jù)：
《個(gè)人所得稅法》第二條
下列各項(xiàng)個(gè)人所得，應(yīng)當(dāng)繳納個(gè)人所得稅：
（一）工資、薪金所得；
（二）勞務(wù)報(bào)酬所得；
（三）稿酬所得；
（四）特許權(quán)使用費(fèi)所得；
（五）經(jīng)營(yíng)所得；
（六）利息、股息、紅利所得；
（七）財(cái)產(chǎn)租賃所得；
（八）財(cái)產(chǎn)轉(zhuǎn)讓所得；
（九）偶然所得。