普洱茶是發(fā)酵的產(chǎn)物，離不開微生物種群與群落的參與。長期以來，我們有一個習(xí)慣說法，即普洱茶是后發(fā)酵的茶。其實，就普洱茶的發(fā)酵而言，從鮮葉釆摘之后，其發(fā)酵的過程就已經(jīng)開始了。對微生物來說，參與制做普洱茶也不僅僅局限于發(fā)酵過程，而是在發(fā)酵前，甚至是茶葉采摘前——最遠(yuǎn)可追溯土壤的分化，茶樹的生長及一次次的發(fā)芽，它就已經(jīng)存在，而且，不同的微生物群落分工有序。
在云南，由于微生物群落的數(shù)目龐大，成為地球上生物多樣性最為豐富的資源。云南微生物的多樣性除物種多樣性外，還包括生理類群多樣性、生態(tài)類型多樣性和遺傳多樣性。
云南存在許多野生、半野生喬木大葉種茶樹，除了特定的地理、氣候與物種的多樣性外，特有微生物的參與也是其中一個因素。微生物生態(tài)的多樣性及微生物的參與不僅幫它抵御外部各種病蟲害的侵襲，并將各種營養(yǎng)源源不斷輸入其中。
微生物許多獨特的代謝方式，如自養(yǎng)細(xì)菌的化能合成作用、厭氧生活、不釋放氧的光合作用、生物固氮作用、對復(fù)雜有機物的生物轉(zhuǎn)化能力、分解氰、酚、多氯聯(lián)苯等有毒物質(zhì)的能力，抵抗熱、冷、酸、堿、高滲、高壓、高輻射劑量等極端環(huán)境的能力，以及病毒的以非細(xì)胞形態(tài)生存的能力等，都為云南喬木大葉種茶樹提供了堅實的“物質(zhì)基礎(chǔ)”。
云南普洱茶渥堆過程中參與的主要微生物有黑曲霉、青霉屬、酵母屬、根霉屬、灰綠曲霉、細(xì)菌類。細(xì)菌數(shù)目極少，沒有發(fā)現(xiàn)致病細(xì)菌。這些微生物生命活動和代謝產(chǎn)物是普洱茶品質(zhì)形成的重要因素。
在渥堆過程中，由于濕熱作用為微生物的活動和代謝創(chuàng)造了良好的條件，同時也給茶葉內(nèi)含的有機物變化提供了熱源，加強了酶系活動。又因霉菌能利用各種多糖作為碳源，進(jìn)行糖代謝，產(chǎn)生大量的單糖和寡糖，為酵母提供足夠的營養(yǎng)使其迅速繁衍，而酵母和霉菌的大量繁衍，抑制了細(xì)菌的生長。同時，這些微生物所分泌的胞外酶對茶葉內(nèi)含成分進(jìn)行了各種各樣的轉(zhuǎn)化。
普洱茶所具有的甘滑、醇厚、活順、陳香等品質(zhì)特點與黑曲霉和酵母在普洱茶渥堆過程中的主從優(yōu)勢有著密切的關(guān)系。