目前，我國分布式能源系統(tǒng)的發(fā)展還存在著不少問題和障礙，其中包括了技術、經(jīng)濟及市場等方面的障礙，但最主要的障礙還在制度和政策層面。
從技術層面：分布式能源在電網(wǎng)連接、電網(wǎng)安全、供電質量、能量儲備、燃料供應等方面存在不少的問題，這也成為拖延乃至反對分布式能源發(fā)展的主要因素。
在市場和經(jīng)濟方面：我國分布式能源系統(tǒng)還處于起步階段，尚未形成經(jīng)濟化的產(chǎn)業(yè)規(guī)模，技術和裝備也有待改進以進一步降低成本，因此盡管發(fā)展前景光明，但分布式能源系統(tǒng)在目前還離不開政府階段性的扶持和政策傾斜。
在體制上：我國的發(fā)電由幾家大的電力集團所主導，而電網(wǎng)更是被兩家規(guī)模巨大的電網(wǎng)公司所強力壟斷。出于利益，這些壟斷性集團除了不熱衷于分布式能源的發(fā)展，甚至可能借用技術、規(guī)范、標準等理由人為地拖延或不作為，客觀上阻礙了分布式能源系統(tǒng)的發(fā)展。
在政策法規(guī)方面：分布式能源系統(tǒng)和可再生能源有一定的重迭并常常關聯(lián)在一起，但分布式能源系統(tǒng)更強調建立在用戶側，規(guī)模以小型為主，一般應具有熱電或熱電冷聯(lián)供的方式，并且一次能源也常常是天然氣或工業(yè)民用裝置的余熱等。對分布式能源系統(tǒng)的原則性鼓勵規(guī)定多散布于《節(jié)約能源法》和《可再生能源法》等法規(guī)的相關章節(jié)內，并不系統(tǒng)且更缺乏具可操作性的實施細則、技術標準和配套政策。此外，相關產(chǎn)業(yè)嚴格和繁復的項目審批制度，更是扼殺了許許多多現(xiàn)實的或者潛在的分布式能源發(fā)展項目。
事實上，政策法規(guī)方面的滯后是分布式能源系統(tǒng)難以獲得快速發(fā)展的最根本的原因。