蝴蝶蘭原生于熱帶雨林的樹木上，不只生長旺盛，而且很少有病害的侵?jǐn)_，而最重要的病害，便是疫病了，它是由一種真菌侵入植株葉片的組織，而在組織內(nèi)分裂繁殖，破壞組織的細(xì)胞，而這種真菌的分裂繁殖速度極驚人，在短短的二十四小時內(nèi)，便足以毀滅一株健壯的植株。
能侵害蝴蝶蘭植株的真菌有⑴phytophthorapalmivora⑵phytophthoraparasiticao，這兩種真菌在夏季高溫多濕的季節(jié)最為猖獗，所有蝴蝶蘭的植株也在此季受害最大，所以，前面一直強調(diào)栽培環(huán)境的重要，一般受真菌感染的病株，剛開始用肉眼可觀察得到時，已是墨綠色向光透明的小斑污點，此污體快速很快，若發(fā)現(xiàn)蝴蝶蘭有這種情況時，需要立即用刀剪去除患部，而去除的面積，需要較污漬點周邊各寬10mm左右，以防有少部分真菌已侵入良好的組織內(nèi)，但仍用肉眼無法辨別，所以去除部分必須連帶周圍的一些好的組織，其去除用的刀剪，刃部在使用前后，皆需用75％的酒精消毒，傷口亦用酒精擦拭涂抹，因酒精能燒灼傷口表面的細(xì)胞，亦能消滅任何附著于傷口的細(xì)菌，經(jīng)涂抹酒精后的傷口，于第二、三天便可看到一層燒灼干癟后的白色形成層，這表示受破壞的傷口已無礙了，不再受外來的細(xì)菌侵入和傷害。
經(jīng)真菌感染后的株體，其患部用手輕觸后表皮即破裂出水，并帶有腥味，若真菌感染到葉心部位，這一棵蝴蝶蘭需用立即將受感染的部位割除，以求保命，若沒有發(fā)覺或不在意，那么這一棵蝴蝶蘭可能回天乏術(shù)，對于普通品種來說，可能不必惋惜，若對于名種，那真的是得不償失，雖然被割除生長部位的植株，其側(cè)芽也不一定能完全成活，但只要切除后的傷口立即用75％酒精涂抹，一般長出側(cè)芽的機會有七成以上，但在切除患部后，其給水量要減少到最低程度，并將患株置放于光線較弱的地方，以利其側(cè)芽長出。患處經(jīng)切除后，需妥善處理，以防真菌擴散，最好用火燒掉，或浸于消毒水中，當(dāng)然，火燒是最經(jīng)濟又省事。
雖然經(jīng)試驗，根部無法直徑受真菌感染，但卻能由葉片或株莖感染至根部。在適當(dāng)?shù)沫h(huán)境下，整盆的聚合苗，只要有一棵小苗受到感染，而不將其處理，在兩三天內(nèi)整盆的小苗都會受到真菌侵襲，而全部死亡。所以建議用大聚合盆的蘭友，需要注意這個缺點。
二、蟲害（含動物及機械性傷害）：
最常見的蝴蝶蘭蟲害有下列數(shù)種，但是溫室窗戶若能外加防蟲網(wǎng)，事先預(yù)防一些蟲害，相信很有效益，預(yù)防勝于治療，如一些紡織娘、蝗蟲、蝸牛等體形較大的害蟲便不能侵入。
1、介殼蟲：介殼蟲的種類很多，形狀不一，大部分的介殼蟲皆會傷害蝴蝶蘭，而且都是利用刺吸刺入葉片組織內(nèi)吸食其營養(yǎng)，所以，被介殼蟲傷害的植株，其株體衰弱，葉片黃萎，若不加以防治，到最后植株會因而衰滅。
任何介殼蟲，皆可用50％大滅松乳劑1000倍液，50％馬拉松乳劑800倍稀釋液，并于每公升中加入1.2％高級夏油防治之。
介殼蟲皆能分泌甜蜜汁，所以有介殼蟲的地方，便有螞蟻，而且螞蟻以會運輸其卵至良好的植株上，使其定居并分泌甜蜜供螞蟻吸食，若見到植株上有螞蟻在辛勤耕耘時，便需注意是否有介殼蟲的侵入，而且螞蟻亦能傳播細(xì)菌疫病，所以要立即用免敵克灑撲殺
2、蚜蟲：有大麥蚜sitiobiongranarium(kirby)、高粱蚜longiumguissacchari(zehntner)、豆蚜aphislaburni(kaltenbach)、玉米蚜rhopalosphummaidis（fitch）等，其防治方法和介殼蟲一樣，在此不再贅述。
3、蝗蟲：有臺灣大蝗chondracrisrosea(degeer)、背條土蝗patangasuccincta(l.)、小蝗oxyaintricata（stal）等，能咬食葉片，傷害蝴蝶蘭之株體，但其危害程度不大，因為依目前的溫室設(shè)備，以足夠防治蝗蟲的侵入，若有此蟲害時，可施用免敵克1000倍液，或用人工捉除。
4、蛾類幼蟲：本蟲害發(fā)生于春初，任何蛾類皆可能產(chǎn)卵在蝴蝶蘭的葉片上，而孵化出小蟲來啃噬葉片，所以于春初便要施用除蟲菊精來防治，若見到蝴蝶蘭的葉片被某種不明蟲類啃噬時，需立即做適當(dāng)?shù)奶幹茫萌斯⑾x找出捏斃，或噴灑殺蟲藥劑防治，一般殺蟲劑可選除蟲菊精或合成除蟲菊精使用，以減少殺蟲劑對人體的傷害機會。
5、軟體動物：軟體動物種類很多，但就蝸牛就讓栽培者頭疼，凡有見到大小蝸?；蜍涹w動物的蹤跡，必須立即施用乙醛誘殺之，以免危害到植株，尤其非洲大蝸牛的食量很大，一個夜晚便可啃噬數(shù)棵小苗，損害不淺，所以栽培者需時時注意溫室內(nèi)的動靜，謀求對策防治任何蟲害。每于雨季的時期內(nèi)，每隔一個月便施用乙醛于園內(nèi)各處。
凡是殺蟲的藥劑，在使用上需注意到對人體的安全，而不必去相信一些沒有根據(jù)的建議或介紹，但只要能使用于環(huán)境衛(wèi)生的殺蟲劑，皆可買來施用于蝴蝶蘭的殺蟲劑，這點很需要提醒蘭友，千萬不可用藥不當(dāng)心。所施用的殺蟲劑，可于農(nóng)藥專賣店購買，并仔細(xì)詢問用藥安全細(xì)節(jié)，不要外行充當(dāng)內(nèi)行，到時受傷害的還是自己。