彩色馬蹄蓮常見的病害有葉斑病、疫病、立枯病、細菌性軟腐病等。
盆栽彩色馬蹄蓮生長周期短，病害情況不明顯，但要注意對蟲害的防控。
當?shù)谝黄~子長出來時，每隔10至14天噴灑可殺得1.3g/l，每14天噴灑敵殺死0.4ml/l以防治昆蟲。當發(fā)生薊馬危害花朵時，可使用寶貴0.12g/l對準花蕊噴施。種球供應商通常都會在出售種球以前對種球進行藥劑處理，但為了將軟腐病的危害降到最低，建議使用福美雙2.0g/l、金雷多米爾0.2至0.4g/l、農用鏈霉素0.6至1.2g/l，將三種藥劑混合后，在生長中期實施一次藥劑灌溉。此外，還需注意日常管理中保持栽培環(huán)境的衛(wèi)生和合理的盆間距。