1. cdna產(chǎn)量的很低
可能的原因：
*rna模板質量低
*對mrna濃度估計過高
*反應體系中存在反轉錄酶抑制劑或反轉錄酶量不足
*同位素磷32過期
*反應體積過大，不應超過50μl
2. 擴增產(chǎn)物在電泳分析時沒有條帶或條帶很淺
*最常見的原因在于您的反應體系是pcr的反應體系而不是rt-pcr的反應體系
*與反應起始時rna的總量及純度有關
*建議在試驗中加入對照rna
*第一鏈的反應產(chǎn)物在進行pcr擴增時，在總的反應體系中的含量不要超過1/10
*建議用oligo(dt)或隨機引物代替基因特異性引物（gsp）用于第一鏈合成。由于rna模板存在二級結構，如環(huán)狀結果，有可能導致gsp無法與模板退火；或ssⅱ反轉錄酶無法從此引物進行有效延伸。
*目的mrna中含有強的轉錄中止位點，可以試用以下方法解決：
a. 將第一鏈的反應溫度提高至50℃。
b. 使用隨機六聚體代替oligo(dt)進行第一鏈反應。
3. 產(chǎn)生非特異性條帶
*用rt陰性對照檢測是否被基因組dna污染。如果rt陰性對照的pcr結果也顯示同樣條帶，則需要用dnase i重新處理樣品。
*在pcr反應中，非特異的起始擴增將導致產(chǎn)生非特異性結果。在低于引物tm 2至5℃的溫度下進行退火，降低鎂離子或是目的dna的量將減少非特異性結果的產(chǎn)生。
*由于mrna剪切方式的不同，根據(jù)選擇引物的不同將導致產(chǎn)生不同的rt-pcr結果。
4. 產(chǎn)生彌散（smear）條帶
*在pcr反應體系中第一鏈產(chǎn)物的含量過高
*減少引物的用量
*優(yōu)化pcr反應條件/減少pcr的循環(huán)次數(shù)
*在用dnase處理被dna污染的rna樣品時，其產(chǎn)生的寡核苷酸片段會產(chǎn)生非特異性擴增，一般會顯示為彌散背景。
5. 產(chǎn)生大分子量的彌散條帶
*大多數(shù)情況下是由于退火溫度過低而導致的非特異性的起始及延伸產(chǎn)生的
*對于長片段的pcr，建議將反應體系中cdna的濃度稀釋至1:10（或1:100-1:200）
6. 在無反轉錄酶的情況下，對照rna獲得擴增結果
*通常是由于對照rna中含有痕量dna而導致的。由于進行體外轉錄時不可能將所有的dna模板消除。建議可將第一鏈cdna稀釋1:10、1:100、1:1000倍以消除dna污染所造成的影響。
*有可能是引物二聚體的條帶
7. 擴增產(chǎn)物滯留在加樣孔中
*有可能是由于模板量過高而導致pcr結果產(chǎn)生了高分子量的dna膠狀物。建議將第一鏈結果至少稀釋100倍再進行二次擴增。
*另外，在二次pcr時使用的退火溫度如果比引物的tm值低5℃，可以將退火溫度適當增高或進行熱啟動以提高特異性。
8. ssⅲ與ssⅱ有何不同？
*具有更高的熱穩(wěn)定性（達50℃）
*具有更長的半衰期（達220分鐘）
*對pcr無抑制
*干冰運輸
*tdt活性更低
9. 為什么有人更喜歡用ssⅲ而不是thermoscript？
thermoscript如果保存不當會引起活性很快降低，ssⅲ則更穩(wěn)定。