可采用生物防治銀杏樹莖腐病，生長季節(jié)里可追施有機肥料時加入拮抗性放線菌，或追施草木灰/過磷酸鈣(1/0.25)并加入拮抗性放線菌，防止病原菌。 防治銀杏樹莖腐病，需加強管理和養(yǎng)護，改善栽培環(huán)境，提高苗木抵抗力。以施用有砂促進苗木健壯生長，增強抗病力及夏季降低苗床土壤溫度為主。適當增施有機肥、草木灰、餅肥，注意追肥，能促進苗木生長，顯著降低發(fā)病率。合理密播，密播有利于發(fā)揮苗木的群體效應(yīng)，增強對外界不良環(huán)境的抗力。注意通風透光、降溫降濕，創(chuàng)造不利病菌傳播和發(fā)展的環(huán)境。用抗病樹種或農(nóng)作物與隱性苗木間作，也可以達到降溫和防病的目的，但需選擇適宜的樹種或作物，并考慮配置方式，間作植物既要有遮陰降溫的作用，又不影響銀杏苗木的生長。爭取土壤解凍時即行播種，此項措施有利于苗木早期木質(zhì)化，增強對土表高溫的抵御能力。
發(fā)病田塊注意清除枯枝落葉層，剪除帶病枝葉，集中燒毀。防治地下害蟲，防治苗木的機械損傷，當年生播種苗或一年生移植苗在松土除草或起苗栽植過程中注意不要損傷苗木的根莖，減少病原菌侵染途徑。
可采用生物防治銀杏樹莖腐病，生長季節(jié)里可追施有機肥料時加入拮抗性放線菌，或追施草木灰/過磷酸鈣(1/0.25)并加入拮抗性放線菌，防止病原菌。
也可采用藥劑防治銀杏樹莖腐病，在病害發(fā)生初期，施用50%代森銨可濕性粉劑200倍液，0.5%~1%石灰等量式波爾多液，或14.5%多效靈可溶性粉劑500~1000倍液，65%代森鋅可濕性粉劑1000倍液，或77%可殺得可濕性粉劑400~700倍液，或70%百菌清可濕性粉劑1000倍液，或70%甲基硫菌靈可濕性劑1000倍液等防治，多種藥劑交替使用效果較好。