(一)關(guān)于視為認(rèn)可竣工結(jié)算文件
《司法解釋》第二十條規(guī)定，當(dāng)事人約定，發(fā)包人收到竣工結(jié)算文件后，在約定期限內(nèi)不予答復(fù)，視為認(rèn)可竣工結(jié)算文件的，按照約定處理。承包人請求按照竣工結(jié)算文件結(jié)算工程價款的，應(yīng)予支持。
《最高人民法院關(guān)于發(fā)包人收到承包人竣工結(jié)算文件后，是否視為認(rèn)可竣工結(jié)算文件的復(fù)函》明確，適用《司法解釋》第二十條的前提條件是當(dāng)事人之間約定了發(fā)包人收到竣工結(jié)算文件后，在約定期限內(nèi)不予答復(fù)，則視為認(rèn)可竣工結(jié)算文件。承包人提交的竣工結(jié)算文件可以作為工程款結(jié)算的依據(jù)。
(二)關(guān)于固定總價工程款調(diào)整
目前司法實(shí)踐的基本做法是：1、固定總價一般不予打開;2、工程量增減的，依約定。沒有約定或約定不明的，可參照合同約定標(biāo)準(zhǔn)對增減部分單獨(dú)結(jié)算。無法參照約定標(biāo)準(zhǔn)結(jié)算的，可以參照行政主管部門發(fā)布的計價標(biāo)準(zhǔn)結(jié)算;3、簽訂固定總價合同后，工程發(fā)生重大變化或固定總價所依據(jù)的設(shè)計圖紙發(fā)生重大變更的，按照雙方確定的工程量清單單價據(jù)實(shí)計價。
(三)關(guān)于認(rèn)定工程依據(jù)
技術(shù)核定單一般需經(jīng)設(shè)計方、建設(shè)方、監(jiān)理方等確認(rèn)簽字。實(shí)踐中發(fā)現(xiàn)施工人憑借技術(shù)核定單主張工程量發(fā)生了變更，進(jìn)而主張相關(guān)權(quán)利。技術(shù)核定單原則上不可以作為工程量增減的依據(jù)，而應(yīng)充分結(jié)合技術(shù)核定單、簽證單、會商紀(jì)要等施工資料進(jìn)行工程量認(rèn)定。
(四)建設(shè)工程施工合同無效但驗(yàn)收合格，“參照合同約定結(jié)算”還是“據(jù)實(shí)結(jié)算”
《司法解釋》第二條：建設(shè)工程施工合同無效，但工程竣工驗(yàn)收合格，承包人請求參照合同約定支付工程價款的，應(yīng)予支持。“參照合同約定支付工程款”是按照雙方的合同約定來進(jìn)行結(jié)算，并非賦予承包人選擇參照合同約定或者工程定額標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行結(jié)算的權(quán)利。要嚴(yán)格按照雙方的合同約定，雖然合同無效，但是約定條款對結(jié)算的條款仍要嚴(yán)格適用(并非有效)。
(五)合同無效情況下哪方可請求參照合同價款結(jié)算
根據(jù)公平原則，發(fā)包人應(yīng)當(dāng)有權(quán)請求參照合同約定支付工程價款。如果發(fā)包人無權(quán)，那么承包人提出按定額計價，則會使承包人獲得更多的非法利益。
(六)關(guān)于無效施工合同中的管理費(fèi)
關(guān)于管理費(fèi)，實(shí)踐中也存在爭議：
有觀點(diǎn)認(rèn)為，管理費(fèi)為違法分包產(chǎn)生的收益，依法收繳。
有觀點(diǎn)認(rèn)為，雙方之間管理費(fèi)約定有效。
有觀點(diǎn)認(rèn)為，調(diào)整管理費(fèi)，為因違法轉(zhuǎn)分包產(chǎn)生非法的漁利費(fèi)用，不宜將管理費(fèi)認(rèn)定為工程結(jié)算的工程款性質(zhì)。如管理方有一定的付出，則對管理費(fèi)酌定調(diào)整。
(七)合同無效后，其他條款效力的問題
合同無效后，其他的約定都不能適用的，但很多條款有參考價值。
(八)無效合同的利息問題
如果利息約定可以適用合同無效，則會產(chǎn)生當(dāng)事人通過約定利息的方式來約定違約金的情況。所以，合同無效時，不適用利息約定。