電子招投標作為一種全新的業(yè)務形態(tài)，實踐中也存在一些問題。
一是法規(guī)滯后，標準不一?，F(xiàn)有電子招投標法規(guī)及規(guī)范性文件雖然確立了電子招投標的法律地位，也對其操作進行了技術規(guī)范，但是，仍然缺乏統(tǒng)一標準，不同地域、不同行業(yè)電子招投標水平參差不齊，配套監(jiān)管體系不太健全，難以對電子招投標實施有效監(jiān)督。
二是平臺眾多，互不兼容。據(jù)統(tǒng)計，我國現(xiàn)有電子招投標平臺不同地域、不同行業(yè)之間缺乏統(tǒng)一的建設和認證標準，（如：各平臺數(shù)字證書（ca）認證機構各不相同，投標人需要辦理多個ca證書才能滿足投標需要等），此外，電子招投標文件制作工具、電子文件格式也缺乏統(tǒng)一標準，各平臺制定獨具特色的規(guī)則，投標人每參加一個新平臺的招標項目，都需要花費一定的時間來熟悉其操作流程，即便文件有模板，也是固定格式，根本不允許作出相應修改，這種“呆板”操作，不僅不能滿足具體項目的特殊需要，而且互不兼融模式使其優(yōu)越性大打拆扣。
三是安全性差，存在風險。目前，市場上可以支持電子化招投標的交易平臺經(jīng)過國家專業(yè)機構安全認證的不是很多。此外，各地公共資源交易平臺并非統(tǒng)一協(xié)調(diào)組建，彼此獨立，互不兼容，缺乏統(tǒng)一的技術標準，數(shù)據(jù)的安全性和保密性得不到有效保障，存在著商業(yè)機密外泄、數(shù)據(jù)信息被不法分子惡意篡改等風險。
四是人才短缺，業(yè)務不精。交易平臺和監(jiān)督平臺的操作人員、代理機構、評標專家、監(jiān)督人員的專業(yè)素質都需要大幅度提升，特別是在“鍵對鍵”操作的前提下，招投標關鍵環(huán)節(jié)責任人的技術水平和職業(yè)道修養(yǎng)都必須能夠勝任電子化招投標的需要。但是，交易平臺和代理機構都缺乏此類專業(yè)人才（兼職居多），遇到問題首先求助的是軟件開發(fā)公司的駐場人員，即便是此類人員其專業(yè)技術水平也十分有限，只能處理一些簡單的故障，涉及技術安全及復雜一些的問題往往也是一籌莫展，這些人員尚且如此，更別說專家評委（尤其是年長者）和監(jiān)督人員，全面提升各類人員的業(yè)務素質迫在眉睫。