容器育苗與苗床育苗相比，不能施入基肥，否則會(huì)導(dǎo)致某些元素的濃度過(guò)高，造成死苗。一般只施以適量的堆肥，而追肥的效果也不錯(cuò)，即結(jié)合灌水施用速效性肥料。
容器育苗的施肥，通常是將含有一定比例的n、p、k養(yǎng)分的混合肥料，按1：200的濃度配成水溶液，通過(guò)灌水系統(tǒng)進(jìn)行噴施或灌根。根據(jù)苗木各個(gè)生長(zhǎng)期的不同要求，不斷調(diào)整n、p、k比例和施用量，以達(dá)到最佳效果。
苗木生長(zhǎng)一般分為出苗期、幼苗期、速生期和硬化期四個(gè)階段。出苗期指幼苗剛出土的時(shí)期，從播種到幼苗地上部出現(xiàn)真葉、地下部出現(xiàn)側(cè)根為止。出苗期的幼苗還不能自行制造養(yǎng)分，其營(yíng)養(yǎng)來(lái)源主要靠種子內(nèi)部貯存的營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)。幼苗期是從幼苗地上部出現(xiàn)真葉、地下部生出側(cè)根，到幼苗的高生長(zhǎng)量大幅上升為止。這時(shí)幼苗對(duì)磷和氮較敏感，一般以偏施氮肥為主，以促進(jìn)保苗和根系生長(zhǎng)。速生期是苗木生長(zhǎng)最旺盛的時(shí)期，從苗木的高生長(zhǎng)量大幅上升開(kāi)始，到高生長(zhǎng)量大幅下降為止。這時(shí)是苗木地上部和根系生長(zhǎng)量最多的時(shí)期，需要的肥水最多，可增加氮肥用量及次數(shù)，并按比例施磷鉀肥，以促進(jìn)氮的吸收和苗木生長(zhǎng)。在后期為促進(jìn)苗木硬化，提高其抗性，要適時(shí)停施氮肥。到了苗木地上部和地下部都逐漸木質(zhì)化的硬化期，要防止徒長(zhǎng)，停止施用肥料，提高苗木抗性。
灌根一般在傍晚進(jìn)行，溫度過(guò)高時(shí)不宜灌根施肥。施用農(nóng)家肥必須充分漚熟，以免燒苗，還可殺死肥中的病菌和害蟲(chóng)卵。根外追肥一般一周1至2次，以清晨進(jìn)行為好。根外追肥與根施相比，用量少，效率高，一般植物葉片8小時(shí)后
可吸收60%的葉面肥。對(duì)某些微量元素，土壤施入往往無(wú)效，因此，可多采用根外追肥的方式，并將兩種追肥方式配合進(jìn)行。無(wú)論哪種方式，都應(yīng)先淡后濃，一旦發(fā)現(xiàn)施肥過(guò)量，要盡快灌水沖淡。
不同種類的苗木對(duì)養(yǎng)分的需求量不同，為達(dá)到良好的施肥效果，對(duì)不同生長(zhǎng)期和不同種類的苗木，需要確定施肥的最佳方案。
生物肥料對(duì)某些苗木的生長(zhǎng)作用明顯，如松樹(shù)。不過(guò)松樹(shù)用容器育苗時(shí)，菌根菌較難傳播，應(yīng)進(jìn)行人工接種，將有菌根菌的土壤鋪蓋在容器土壤表面。一般菌根土應(yīng)取自同種松樹(shù)根系的周圍。接種時(shí)間應(yīng)選在松樹(shù)種子發(fā)芽后一個(gè)月左右，如過(guò)早放入，幼苗側(cè)根未形成，菌根菌沒(méi)有寄主，往往就會(huì)失效。但豆料植物，如金合歡、合歡、紫荊、紫藤等，大都有可以固氮的根瘤菌，而磷肥在很大程度上可以促進(jìn)根瘤菌的發(fā)展。因此這類苗木對(duì)磷肥的要求較高，對(duì)氮肥要求較低。