系統(tǒng)的污染主要是由鬼峰或交叉污染造成的。如果鬼峰的峰寬與樣品的峰類似（具有類似的保留時間），則污染物很可能是與樣品同時進入色譜柱的。進樣器中可能存在額外的化合物（即污染物）或樣品本身存在這些化合物。溶劑、樣品瓶、瓶蓋和注射器中的雜質(zhì)只是某些可能的污染源。進樣樣品和溶劑空白有助于找到可能的污染物源。如果鬼峰的峰寬比樣品峰寬很多，則污染物極可能在進樣樣品時已存在于色譜柱中了。這些化合物在上一次gc進樣結(jié)束時已存在于色變柱中了。在下一次進樣時這些化合物會流出，因而峰很寬。有時，一些鬼峰是由多次進樣累積而成的，因此流出時呈現(xiàn)圓丘峰或圓包峰。這樣的鬼峰常常隨基線的漂移或偏移而出現(xiàn)。提高升溫程序中的溫度或延長升溫時間是減少或消除鬼峰問題的方法之一。另外，在每次進樣后或序列分析后進行短暫的烘烤，也可以從色譜柱中去除保留性較強的化合物，從面避免導(dǎo)致出現(xiàn)問題。