協議蓋合同章是有效的，當事人雙方選擇訂立協議，以書面形式訂立的，雙方應當簽名、蓋章或者按指印，協議蓋合同章或公章都是可以的，協議都具有法律效力。
一、協議蓋合同章是否有效
協議蓋合同章有效，協議書上蓋公章或合同章沒有區(qū)別，都是有法律效力的。根據法律規(guī)定，當事人采用合同書形式訂立合同的，自當事人均簽名、蓋章或者按指印時合同成立。在簽名、蓋章或者按指印之前，當事人一方已經履行主要義務，對方接受時，該合同成立。
《中華人民共和國民法典》
第四百六十五條 依法成立的合同，受法律保護。依法成立的合同，僅對當事人具有法律約束力，但是法律另有規(guī)定的除外。
二、協議蓋合同章還是公章
協議蓋合同章和公章都可以，一般優(yōu)先使用合同章。
根據2021年實施的《中華人民共和國民法典》第四百九十條規(guī)定，當事人采用合同書形式訂立合同的，自當事人均簽名、蓋章或者按指印時合同成立。在簽名、蓋章或者按指印之前，當事人一方已經履行主要義務，對方接受時，該合同成立。
法律、行政法規(guī)規(guī)定或者當事人約定合同應當采用書面形式訂立，當事人未采用書面形式但是一方已經履行主要義務，對方接受時，該合同成立。
三、協議蓋章蓋在哪個位置
將經合同相關方同意確定的規(guī)范性合同打印好并準備好印章、印泥，確保紙版文本清晰規(guī)范，合同相關方法定代表人（授權委托人）已簽字。
在紙版合同的封面蓋章、文本正文需要蓋章的相應位置蓋章。
在合同文本的最后落款處，有蓋章字樣的地方，用合同專用章沾好紅色印泥，然后使印章正面朝上蓋章。
把合同頁面的側面均勻攤開，確保頁數之間的間距不能過寬或過窄，中間幾頁可以稍微密一點，第一頁和最后一頁多留點白，比印章直徑稍窄即可。