液相色譜儀內(nèi)部含有很多個不同的系統(tǒng)，這些系統(tǒng)在運作的過程中會有不同的作用，當人們在使用液相色譜儀的時候會發(fā)現(xiàn)它比一般的儀器要復雜一些，這是因為儀器本身的設備就非常多，在進行檢測的時候要途徑各種不同的系統(tǒng)，液相色譜系統(tǒng)由儲液器、泵、進樣器、色譜柱、檢測器、記錄儀等幾部分組成。如果缺少了其中的某個系統(tǒng)的話它就無法正常運作了。
儲液器中的流動相被高壓泵打入系統(tǒng)，樣品溶液經(jīng)進樣器進入流動相，被流動相載入色譜柱(固定相)內(nèi)，由于樣品溶液中的各組分在兩相中具有不同的分配系數(shù)，在兩相中作相對運動時，經(jīng)過反復多次的吸附-解吸的分配過程，各組分在移動速度上產(chǎn)生較大的差別，被分離成單個組分依次從柱內(nèi)流出，通過檢測器時，樣品濃度被轉換成電信號傳送到記錄儀，數(shù)據(jù)以圖譜形式打印出來。高效液相色譜儀主要有進樣系統(tǒng)、輸液系統(tǒng)、分離系統(tǒng)、檢測系統(tǒng)和數(shù)據(jù)處理系統(tǒng)，其中分離系統(tǒng)是重要的，因為分離系統(tǒng)起著很關鍵的作用，如果沒有分離系統(tǒng)的話它就無法得出關鍵數(shù)據(jù)了。那么液相色譜儀的分離系統(tǒng)到底是如何運作的呢？
分離系統(tǒng)包括色譜柱、連接管和恒溫器等。色譜柱一般長度為10～50cm(需要兩根連用時，可在二者之間加一連接管)，內(nèi)徑為2～5mm，由優(yōu)質(zhì)不銹鋼或厚壁玻璃管或鈦合金等材料制成，住內(nèi)裝有直徑為5～10μm粒度的固定相(由基質(zhì)和固定液構成).固定相中的基質(zhì)是由機械強度高的樹脂或硅膠構成，它們都有惰性(如硅膠表面的硅酸基因基本已除去)、多孔性(孔徑可達1000?)和比表面積大的特點，加之其表面經(jīng)過機械涂漬(與氣相色譜中固定相的制備一樣)，或者用化學法偶聯(lián)各種基因(如磷酸基、季胺基、羥甲基、苯基、氨基或各種長度碳鏈的烷基等)或配體的有機化合物。因此，這類固定相對結構不同的物質(zhì)有良好的選擇性。例如，在多孔性硅膠表面偶聯(lián)豌豆凝集素(psa)后，就可以把成纖維細胞中的一種糖蛋白分離出來。另外，固定相基質(zhì)粒小，柱床極易達到均勻、致密狀態(tài)，極易降低渦流擴散效應?；|(zhì)粒度小，微孔淺，樣品在微孔區(qū)內(nèi)傳質(zhì)短。這些對縮小譜帶寬度、提高分辨率是有益的。根據(jù)柱效理論分析，基質(zhì)粒度小，塔板理論數(shù)n就越大。這也進一步證明基質(zhì)粒度小，會提高分辨率的道理。再者，高效液相色譜的恒溫器可使溫度從室溫調(diào)到60c，通過改善傳質(zhì)速度，縮短分析時間，就可增加層析柱的效率。