大多數(shù)植物都可用做沼氣池原料，但是核桃葉、白果葉、貓兒眼、黃花蒿（苦蒿）、地綿草、臭椿葉、楸樹葉、泡桐葉、水杉、梧桐葉、苦楝葉、斷腸草、辣蓼子、煙梗等植物，有抑制或殺死沼氣池中發(fā)酵細(xì)菌的作用，要嚴(yán)禁入池。同樣，沼氣池內(nèi)更不能用農(nóng)藥、柴油等滅蛆，否則會(huì)造成池內(nèi)長(zhǎng)期不產(chǎn)氣。
另外，豆餅、花生餅、棉籽餅等在空氣不足的條件下會(huì)產(chǎn)生磷化氫，這是一種有毒的氣體，不僅對(duì)甲烷細(xì)菌不利，而且人、畜接觸后容易發(fā)生中毒，更要嚴(yán)禁入池。