就pcr假陰性問題總體來說有如下因素：
一、儀器因素
pcr實驗對儀器的依賴性是很高的，離心機、擴增儀都是造成pcr假陰性的因素。擴增儀的主要問題是孔間差，引起擴增失敗可擴增效率降低。而離心機的影響則更容易被忽視。國內(nèi)使用離心機很少使用離心加速度（xxxg）作為參數(shù)指標，而常使用轉(zhuǎn)數(shù)作為參數(shù)指標，這里就存在著一個問題，由于離心機的大小不同，有效跳心半徑也不相同，因此同樣的轉(zhuǎn)速所產(chǎn)生的離心力相差很大（有的在數(shù)倍以上），所以在相同的離心時間下，有可能模板并沒有離心下來，造成pcr假陰性。這個問題在其他實驗也有，但因基他實驗都是測定大分子蛋白沉淀，對離心的速度要求較低所以不太明顯。建議使用小型臺式離心機的實驗要注意一下這個問題。
二、試劑質(zhì)量問題
pcr實驗的成功與否試劑的質(zhì)量至關(guān)重要，試劑的質(zhì)量問題涉及多個方面：細胞的裂解；模板的抽提；引物位點的選擇；taq酶的活性等等。其中任一環(huán)節(jié)出了問題都會引起結(jié)果的假陰性。這些都是試劑質(zhì)量的問題，因此選用高質(zhì)量的pcr試劑非常重要。
三、核酸模板問題
核酸模板質(zhì)量問題是制約pcrzui重要的因素之一。核酸模板在擴增區(qū)出現(xiàn)斷裂、蛋白粘附、空間位阻等模板質(zhì)量問題都有可能引起擴增失敗造成結(jié)果的假陰性或定量不準確。由于無論什么提取方法都不可能得到*理想化的核酸模板，因此核酸模板質(zhì)量雖然與試劑的質(zhì)量有關(guān)，但它不可能由試劑質(zhì)量完*。
核酸模板問題除了模板本身的問題外，還存在模板溶液中抑制taq酶活性成分（如某些蛋白、離子等）作用，而導(dǎo)致擴增效率降低甚至擴增失敗的問題。對此，有人提倡進行模板純化，效果較為明顯。但另一個問題又出現(xiàn)了，那就是怎樣保證純化的回收率問題?？傊怂崮０鍐栴}是不可避免的問題，只能努力去減少。
四、操作人員素質(zhì)問題
pcr實驗的環(huán)節(jié)很多，而且對每一環(huán)節(jié)的質(zhì)量要求都很高，例如少加、漏加試劑、離心不充分、循環(huán)參數(shù)設(shè)計錯誤、對于rna抽提降解、逆轉(zhuǎn)錄失敗等等都能造成結(jié)果的假陰性。因此要求pcr的實驗操作人員有很好的素質(zhì)，能夠嚴格遵守操作規(guī)程，并能敏銳的發(fā)現(xiàn)問題和解決問題。
五、其他
pcr實驗中從樣品的采集、運輸、保存開始就可以引起結(jié)果的假陰性，而對于病原體檢測（如hbv）在人體血液系統(tǒng)出現(xiàn)有周期性變化也是值得注意的因素。