所共知牡丹雍容華貴、美艷無(wú)比，但在其生長(zhǎng)期中卻常有各種病害發(fā)生，已鑒定出的有20余種，其中真菌病害15種、病毒病害3種、線(xiàn)蟲(chóng)病害1種以及缺素病等。 牡丹的葉部病害 大多數(shù)是真菌性病害，紅斑病和灰霉病是這些病害中最為嚴(yán)重的，它們引起葉局部壞死或整葉枯死，病原真菌分別為牡丹枝孢霉和灰葡萄孢、牡丹葡萄孢。其他尚有輪紋病、灰斑病、斑點(diǎn)病、輪斑病、炭疽病、銹病、白粉病等。它們往往使牡丹提前落葉，影響生機(jī)。有些病害雖在牡丹花期之后盛發(fā)。但影響牡丹花芽孕育、長(zhǎng)勢(shì)，不可忽視。防治此類(lèi)病害要注意栽培管理，冬季清園，秋季徹底清掃落葉，澆水要避免在葉上滯留水分，施肥應(yīng)n、p、k合理配比，覆土不能觸及葉基，及時(shí)除去病葉，枯葉，定期噴施苯駢咪唑類(lèi)農(nóng)藥(如多菌靈)、有機(jī)硫制劑（如代森鋅）或百菌清等，可控制或減輕葉部病菌的危害。
牡丹的枝干病害 上述灰霉病菌、紅斑病菌以及炭疽病菌也可危及枝條，造成斑點(diǎn)、潰瘍等癥狀。莖腐爛又稱(chēng)菌核病，使莖基或中部出現(xiàn)入漬狀褐色腐爛后呈灰白色，病莖內(nèi)外有黑色大型鼠糞狀菌核。更換病土重新栽植以及剪除病部、噴施氯硝胺、苯駢咪唑類(lèi)農(nóng)藥或撒施硫磺粉等，可以減輕危害。由于此菌寄主范圍十分廣泛，輪栽不易達(dá)到控制目的。
牡丹的根部病害 有白絹病、白紋羽病、紫紋羽病、根朽病、鐮刀菌根腐以及根結(jié)線(xiàn)蟲(chóng)病等，它們引起根莖部腐爛、地上部枯萎，以及大小不等的根結(jié)。牡丹生長(zhǎng)不良，根和根頸受損傷時(shí)易感染；土壤粘重，排水不良容易感病?？稍诜N植前剔除有根結(jié)的病株，剪除部分腐爛的肉質(zhì)根，以及改良土壤質(zhì)地等控制措施來(lái)減少發(fā)病。
牡丹上的病毒病害已知有三種，一為斑駁病毒病，在葉部形成深綠、淺綠相間的同心輪環(huán)紋斑，病原為環(huán)斑病毒(prv)。病毒粒子球形，蚜蟲(chóng)傳播。二為牡丹病毒病，日本稱(chēng)輪紋病，開(kāi)始為談綠色褪綠斑，后呈環(huán)斑或輪紋斑，有時(shí)呈不規(guī)則形，植株矮化。病原為煙草脆裂病毒(trv)。病毒粒子球狀。汁液、線(xiàn)蟲(chóng)、菟絲子、牡丹種子都能傳毒。三為牡丹曲葉病，可使植株明顯矮化，僅正常時(shí)l/2，下部枝彎曲、葉卷曲，枝條細(xì)弱，嫁接傳毒，病原為牡丹曲葉病毒(plcv)。田間衛(wèi)生、防蟲(chóng)、工具消毒是目前可行的防治措施。
其他有類(lèi)菌原體(mlo)引起的綠瓣病，缺鎂引起的缺素病，缺鉀及早春低溫引起的芽枯病等。