一、范圍不同
工程結算確定的是工程建設階段的工程價款，包括建筑工程費、安裝工程費等；
竣工決算包括從籌集到竣工投產全過程的全部實際費用，即包括建筑工程費、安裝工程費、設備工器具購置費用及預備費以及監(jiān)理費、設計費、建設單位管理費等費用。
二、主體不同
工程結算是在建設單位和施工單位之間進行，有兩個平等的主體；
工程決算是由建設單位對工程項目發(fā)生的費用進行歸集、分配、匯總編制，只有一個主體。
三、時間不同
工程結算發(fā)生在工程決算之前，只有工程結算完成后，才能進行工程決算。
四、作用不同
工程結算是施工單位向建設單位索取工程報酬的依據，反映的是項目建設階段的工作成果；
工程決算是正確核算新增固定資產價值，考核分析投資效果，反映的是綜合、全面、完整的項目建設的最終成果。
五、依據法規(guī)不同
目前，工程結算的編制主要依據財政部、建設部聯合發(fā)布的《建設工程價款結算暫行辦法》；
工程決算的編制主要依據財政部發(fā)布的《基本建設財務管理規(guī)定》。
六、審計側重點不同
工程結算審計主要側重于工程造價審計；
工程決算審計包含了對工程及財務等全部建設費用的審計。