施工合同不進(jìn)行備案的，是可能會(huì)在之后的相關(guān)審核的過程中，查不到相關(guān)的施工合同，是可能會(huì)對(duì)建設(shè)施工工程有一定的影響的。
一、施工合同不備案有什么后果
備案不是效力性強(qiáng)制規(guī)定，不備案的合同仍可以是有效的合同。備案與否在工程款結(jié)算方面有很大影響。
對(duì)于經(jīng)過招投標(biāo)程序的建設(shè)工程施工合同，其在自投標(biāo)人中標(biāo)時(shí)就已成立。法律并未規(guī)定需經(jīng)登記備案才生效。
這條規(guī)定是國家政府管理部門為了嚴(yán)格管理和監(jiān)督建設(shè)工程合同而采取的行政管理方法。
設(shè)立這種備案制度，并不是中標(biāo)合同必須經(jīng)過行政部門審查批準(zhǔn)才生效，而是確定以經(jīng)過備案的中標(biāo)合同作為承包人與發(fā)包人雙方之間結(jié)算工程款的依據(jù)。
二、未備案的建設(shè)工程施工合同補(bǔ)充協(xié)議效力如何
建設(shè)工程領(lǐng)域中的“黑白合同”是指建設(shè)工程施工合同的當(dāng)事人就同一建設(shè)工程簽訂的兩份或兩份以上實(shí)質(zhì)性內(nèi)容相異的合同。通常把經(jīng)過招標(biāo)、投標(biāo)經(jīng)備案的正式合同稱為“白合同”，把實(shí)際履行的補(bǔ)充協(xié)議稱為“黑合同”。
中標(biāo)通知書對(duì)招標(biāo)人和中標(biāo)人具有法律效力，中標(biāo)通知書發(fā)出后，招標(biāo)人改變中標(biāo)結(jié)果的或者中標(biāo)人放棄中標(biāo)項(xiàng)目的，應(yīng)當(dāng)依法承擔(dān)法律責(zé)任。也就是說中標(biāo)通知書一旦到達(dá)投標(biāo)人，合同即成立招標(biāo)人和中標(biāo)人應(yīng)當(dāng)自中標(biāo)通知書發(fā)出之日起30日內(nèi)，按照招標(biāo)文件和中標(biāo)人的投標(biāo)文件訂立書面合同。招標(biāo)人和中標(biāo)人不得再行訂立背離合同實(shí)質(zhì)性內(nèi)容的其他協(xié)議。
法律依據(jù)：
《建筑法》第三十一條（合同備案）發(fā)包單位應(yīng)當(dāng)在建設(shè)工程合同簽訂的30日內(nèi)，送工程所在地建設(shè)行政主管部門備案。合同發(fā)生重大變更的，發(fā)包單位應(yīng)自合同變更后15個(gè)工作日內(nèi)，將變更協(xié)議送原備案機(jī)關(guān)備案。合同發(fā)生糾紛的，以備案合同為準(zhǔn)。
《最高人民法院關(guān)于審理建設(shè)工程施工合同糾紛案件適用法律問題的解釋》第二十一條 當(dāng)事人就同一建設(shè)工程另行訂立的建設(shè)工程施工合同與經(jīng)過備案的中標(biāo)合同實(shí)質(zhì)性內(nèi)容不一致的，應(yīng)當(dāng)以備案的中標(biāo)合同作為結(jié)算工程價(jià)款的根據(jù)。