在播種或扦插前消毒苗圃土壤，可消滅病菌，確保苗木安全。常用且效果較好的方法有以下六種：
五氯硝基苯消毒每平方米苗圃地用75%五氯硝基苯4克、代森鋅5克，混合后，再與12公斤細(xì)土拌勻。播種時(shí)下墊上蓋，防治炭疽病、立枯病、猝倒病、菌核病等有特效。
福爾馬林消毒每平方米苗圃用福爾馬林50毫升加水10公斤均勻地噴灑在地表，然后用草袋或塑料薄膜覆蓋，悶10天左右揭掉覆蓋物，使氣體揮發(fā)，兩天后可播種或扦插。防治立枯病、褐斑病、角斑病、炭疽病效果良好。
波爾多液消毒每平方米苗圃地用等量式(硫酸銅：石灰：水的比例為1:1:100)波爾多液2.5公斤，加賽力散10克噴灑土壤，待土壤稍干即可播種扦插。對(duì)防治黑斑病、斑點(diǎn)病、灰霉病、銹病、褐斑病、炭疽病效果明顯。
多菌靈消毒多菌靈能防治多種真菌病害，對(duì)子囊菌和半知菌引起的病害防治效果好。土壤消毒用50%可濕性粉劑，每平方米拌1.5克，可防治根腐病、莖腐病、葉枯病、灰斑病等。也可按1:20的比例配制成毒土撒在苗床上，能有效防治苗期病害。
硫酸亞鐵消毒用3%溶液處理土壤，每平方米用藥液0.5公斤，可防治針葉花木的苗枯病，桃、梅縮葉病，兼治花卉缺鐵引起的病。