蘋果貯藏期主要病害基本分為3大類。
第一類是致病菌在果實生長期侵入，采摘時尚未表現(xiàn)出癥狀，帶有病菌的果實，在貯藏期逐漸表現(xiàn)出典型危害狀。
此類病害一般在貯藏30天內陸續(xù)出現(xiàn)。蘋果輪紋爛果病、蘋果炭疽病、蘋果霉心病、蘋果疫腐病都屬于此類病害。防治此類病害是在生長期，而不是在貯藏期，果實實行套袋生產(chǎn)對這些病害都有良好的預防效果(霉心病除外)，而在采果后用藥處理，則收獲不大。
第二類是生理病害。
病因復雜，常見的有：①苦痘病。發(fā)生原因與果實中鈣、氮的含量及氮、鈣的比例過大關系密切。當果實中鈣離子濃度低于110ppm時，果實呼吸速率增加，原生質及液泡膜崩解、果肉組織松軟、外部表現(xiàn)凹陷斑點。氮、鈣比大于10則發(fā)生，達到30時嚴重發(fā)生。防治苦痘病采用以下方法：增施有機肥，適量施速效氮肥，按該品種正常采收期采收；幼果期每2周葉面補充1次鈣，如氨基酸鈣100倍，共補充4-6次；果實入庫前用2%氯化鈣溶液浸漬，控制窖內溫度不高于2℃，并保持良好通透性，對發(fā)生嚴重品種應高接抗病品種。
②水心病(蜜病、玻璃病)。發(fā)生原因是由梨糖醇代謝受阻及鈣素少。防治辦法基本與防治苦痘病相同，并注意補充磷肥。
③褐燙病(虎皮病)。蘋果貯藏后期發(fā)生，發(fā)生原因眾說不一，已知未成熟的富士、金冠發(fā)生較重。偏施氮肥、多雨年份、采收過早、窖溫過高及通風不良易發(fā)生。防治方法主要是增施有機肥，不偏施氮肥，適時采收；貯藏后期防止窖溫過高，保持窖內通風良好。
④果肉褐變。氣調貯藏時，當二氧化碳濃度過高，氧氣濃度過低時發(fā)生。各品種對二氧化碳的忍耐力差異很大。防治方法：氣調貯藏時，要嚴格按蘋果品種控制氣體比例，一般氧氣不低于3%，二氧化碳不高于10%。
第三類是與果實傷口(機械損傷、蟲傷)關系極大的病害。
①青霉病 致病菌主要經(jīng)傷口侵入，病果和健果接觸，菌絲可侵入健果。病菌產(chǎn)生果膠酶和毒素，很快使果肉軟腐，病菌在0℃條件下仍能緩慢生長，塑料袋袋裝果發(fā)生多。預防方法：采摘、分級、搬運、貯藏過程中，避免碰傷、刺傷、擠壓傷，對傷果要撿出；果庫事先要用1%硫酸銅或福星2000倍、世高1000倍滅菌；果庫溫度控制在0℃-2℃；經(jīng)常檢查，發(fā)現(xiàn)爛果及時清除。
②褐腐病 此病害在果實生長后期就已發(fā)生，又是貯運期間的重要病害。果實生長后期發(fā)生的褐腐病，病菌從食心蟲等害蟲造成的傷口侵入，將蟲害防治好，此期的褐腐病可得到有效的控制。貯藏期間發(fā)生的褐腐病，病菌從機械傷口處侵入，與預防青霉病的方法相同