根是龍眼的重要器官，它除了把植株固定在土壤之內(nèi)，吸收水分，礦物質(zhì)養(yǎng)分和少量的有機物質(zhì)，以及貯藏一部分養(yǎng)分外，還能將無機養(yǎng)分合成為有機物質(zhì)，如將無機氮轉(zhuǎn)化成酰胺、氨基酸、蛋白質(zhì)等。根能把磷轉(zhuǎn)化為核蛋白和擬脂，能把土壤中吸收的二氧化碳和碳酸鹽與從葉片下移的光合產(chǎn)物——醣結(jié)合，形成各種有機酸，并且將其轉(zhuǎn)化產(chǎn)物送入地上部參加光合作用過程。根能合成某些特殊物質(zhì)，如激素(細(xì)胞分裂素、赤霉素)和其他生理活性物質(zhì)，對地上部生長起調(diào)節(jié)作用。根在代謝過程中分泌酸性物質(zhì)，能溶解土壤養(yǎng)分，使之轉(zhuǎn)變成易可溶性的化合物，根系的分泌物還能將土壤微生物引到根系分布區(qū)，并通過微生物的活動將氮及其他元素的復(fù)雜有機化合物轉(zhuǎn)變?yōu)楦狄子谖盏酿B(yǎng)分。
龍眼根系通常由主根、側(cè)根和須根所組成。主根由種子胚根發(fā)育而成，在它上面產(chǎn)生的各級較粗大的分枝，統(tǒng)稱側(cè)根。在側(cè)根上形成的較細(xì)根系，稱為須根。用嫁接、高壓繁殖的龍眼植株沒有主根。主根和各級側(cè)根可構(gòu)成根系主要骨架，所以又叫骨干根，須根是根系推進(jìn)、延長和擴大根系分布范圍及形成側(cè)分枝——吸收根。這些生長根經(jīng)過一定時間生長后顏色轉(zhuǎn)深，變?yōu)檫^渡根，再進(jìn)一步發(fā)育成具有次生結(jié)構(gòu)的輸導(dǎo)根。吸收根主要功能是從土壤中吸收水分和礦物質(zhì)，并將其轉(zhuǎn)化為有機物。它具有高度的生理活性，在根系生長最好時期，它的數(shù)目可占植株根系的90%或更多。吸收根的多少與龍眼營養(yǎng)狀況關(guān)系極為密切。
龍眼具有強大根系，為深根果樹。龍眼的根系有垂直根和水平根。垂直根大體與土表呈垂直方向生長的根，主要將植株固定于土壤中，并從較深的土層中吸收水分和某些微量元素。垂直根入土深淺取決于土壤條件、地下水位及管理措施而異。水平根多數(shù)是沿著土壤表層平行方向生長，擴展范圍大多比樹冠大1-2倍，以樹冠覆蓋范圍內(nèi)最多且密，并從土壤中吸收水分和礦物質(zhì)。龍眼根系在土壤中分布，據(jù)黃金松(1962)在莆田紅壤山地觀察，28年生烏龍嶺龍眼垂直根在土層深達(dá)3米以上的，其垂直分布深180厘米，而在170厘米處仍有0.5-1厘米的粗根，為樹高的0.42倍；而側(cè)根密集層分布在5-50厘米之間。同樣是紅壤，而土層只有70厘米，其下為堅硬的礫質(zhì)層，則根的垂直分布只達(dá)80厘米，為樹高的0.23倍。龍眼80%的吸收根分布在0-40厘米處，以10-30厘米處分布最密。而水平分布寬度則為樹冠的2.8倍，80%根系分布在樹冠周圍。據(jù)陳文訓(xùn)(1964)在福州的觀察，在土層深厚、排水良好的紅壤山地上，15年生實生紅核子龍眼根系可深達(dá)5.45米，水平分布達(dá)17.34米，大部分吸收根分布在10-60厘米土層中；在水溝邊地下水位高，17年生紅核子龍眼根系深度只有35厘米，在風(fēng)化尚未完全的黏質(zhì)山地紅壤中，龍眼根多扭曲，吸收根少，根的尖削度差異大；而在沖積土中，吸收根極多，尖削度差異小，水平根較樹冠大1.4-2.8倍。以高壓苗定植的龍眼樹，在深厚的紅壤坡地上，根系垂直分布的深度并不亞于實生樹。
龍眼主要依賴于吸收根從土壤中吸收水分和礦物質(zhì)，吸收根多少決定于龍眼樹體營養(yǎng)狀況的優(yōu)劣，而龍眼吸收根又分布在土壤5-30厘米之間。因此，龍眼園土壤管理除開園時，一定要挖大穴、分層施足基讓龍眼根系深扎外，正常的龍眼園土壤管理上一定要注重耕作層培肥，實施樹盤培土，鋪草覆蓋，冬季深翻，種植的綠肥實施全園直接翻犁，以及擴穴改土?xí)r，切實做到粗雜肥墊底，精細(xì)有機、無機肥上施等措施，以培肥土壤耕作層。