建設工程施工合同糾紛案件中，關于工程款爭議占據(jù)大多數(shù)。建筑工程工程款支付方式主要有直接支付至承包人的指定賬戶、支付給承包人的有關人員、支付給特定的第三方、以房屋抵償?shù)葞追N方式。
一、直接支付至承包人的指定賬戶
發(fā)包人將工程款支付至承包人的指定賬戶，無論是轉賬、現(xiàn)金匯款還是使用票據(jù)，對雙方來說都無疑是避免糾紛的最有效方式。即使付款或收款的憑證不慎遺失，任何一方都可以到銀行查詢交易記錄完成舉證，法院也可以通過調查取證查清付款的詳細信息。然而，全部工程款都采用此種方式支付的情況卻并不多見，原因在于建筑市場普遍存在著掛靠施工的現(xiàn)象，實際施工人只是借用建筑企業(yè)的資質，以其名義簽訂合同、開具發(fā)票和制作施工資料，被掛靠的企業(yè)與工程發(fā)包人之間實際上并無財務往來。個別建筑企業(yè)為了便于實際施工人承建工程，專門為其設立分公司或單獨開設賬戶。這樣雖然在一定程度上可以規(guī)范款項往來，但畢竟有以合法形式掩蓋非法目的之嫌，并且掛靠雙方的本意是令彼此資金獨立開來，而在法律意義上總公司與分公司的財產(chǎn)、債務具有同一性，這對雙方而言都增加了很多不可預見的風險。
二、支付給承包人的有關人員
發(fā)包人將工程款直接支付給實際施工人的情形較多。除了實際施工人以外，承包人的財務人員、現(xiàn)場負責人或委托授權的其他人往往也會收取工程款。個人收款常見的第一個問題是沒有委托授權手續(xù)或手續(xù)不規(guī)范。有的案件中，雖然發(fā)包人能夠提供承包人有關人員收款的憑證，但是不能提供收款人的委托手續(xù)，或委托手續(xù)授權不明，由于施工隊伍構成復雜、人員流動性大，根本無法找到收款人進行核實，甚至根本無法得知收款人的身份信息，則增加了發(fā)生糾紛的幾率。第二個問題是沒有收款憑據(jù)或收款憑據(jù)不規(guī)范。個人收款，一般是收取現(xiàn)金或票據(jù)，然后出具收條、收據(jù)或經(jīng)簽字的票據(jù)復印件。如發(fā)包人收款后沒有出具收條，顯然會導致承包人舉證困難。如收款憑據(jù)不能如實、完整地記載收款日期、金額、事由、方式等信息，也容易引發(fā)糾紛。收款日期與實際不符、收款金額大小寫不一致、收款事由未明確與工程的關聯(lián)性等現(xiàn)象在審判實踐中都有所反映，但發(fā)生幾率相對較小。收款人向發(fā)包人出具借條而非收條的情況也時有發(fā)生，實際上當事人之間僅存在建設工程施工合同關系，不存在借貸關系，出具借條的真實目的是預收工程款。但即使通過書面證據(jù)只能認定為借款，也可以通過抵銷而計入已付的工程款范圍。
三、支付給特定的第三方
在建筑工程支付款支付方式中，發(fā)包人需要將一部分工程款支付給第三方，而承包人對此予以認可或應當認可的，同樣具有法律上的效力。
（一）支付給約定的第三方
發(fā)包人和承包人約定將工程款支付給第三方，該第三方通常是債權受讓人、材料供應商、施工人員、供水供電單位、審計單位、材料檢測單位、規(guī)費征收單位等，承包人對上述第三方負有債務，或發(fā)包人按約墊付了本應由承包人支付的費用。實踐中還出現(xiàn)過發(fā)包方提前向承包人支付工程款，但基于某種考慮而通過第三方過賬的情況。在雙方約定將款項支付給第三方時，沒有簽訂書面協(xié)議，或支付的憑據(jù)不完備的情形較多。有的發(fā)包人在代付費用后，并沒有證據(jù)證明相應費用與工程的關聯(lián)性。在一起涉及代付規(guī)費的案件中，由于政策原因，發(fā)包人在立項后即繳納了工程規(guī)費，而后才與承包人簽訂合同，但簽訂合同時規(guī)費繳納標準已作調整，部分規(guī)費取消或減少，雙方又沒有明確此前多繳納的規(guī)費如何處理，因此只能由發(fā)包人自行承擔。
（二）支付給法定的第三方
根據(jù)合同相對性原理，發(fā)包人一般只應對承包人履行給付工程款的義務。而最高法院《關于審理建設工程施工合同糾紛案件適用法律問題的解釋》第26條第1款規(guī)定，實際施工人可以直接向發(fā)包人主張權利，發(fā)包人在欠付工程價款范圍內對實際施工人承擔責任。發(fā)包人據(jù)此向實際施工人支付工程款的，施工單位應予認可。此外，在轉包、分包或掛靠施工的情形下，實際施工人以承包人名義對外所負材料費用、人工費用等債務，符合代理或表見代理特征的，相應債權人可向承包人主張權利，承包人在履行付款義務后，實際施工人也應予以認可。
（三）支付給基于其他因素確定的第三方
在實踐中，個別的承包人或實際施工人惡意逃避債務，引發(fā)集體信訪、上訪等社會問題。為了維護社會穩(wěn)定，保護弱勢群體的權益，行政機關或司法機關往往會介入?yún)f(xié)調，由發(fā)包人代為承包人履行相應債務。發(fā)包人代為承包人履行債務后，即對承包人享有無因管理之債權，與工程款債務可作抵銷。常見情形一是墊付工人工資，二是墊付工傷賠償款。但發(fā)包人墊付款項后，在訴訟過程中承包人通常會對債權人的主體身份、標的及墊付款項的真實性提出異議。因此，發(fā)包人在向第三方支付款項時，首先必須在行政機關、司法機關的組織和協(xié)調下進行，不能擅自向第三方付款，更不能直接與第三方進行結算。其次，必須仔細核實第三方的身份，且付款額度控制在第三方的債權范圍之內。最后，還要妥善保留證據(jù)，同時尋求相關機關的見證。
四、以房屋抵償
一些房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)在不具備付款能力的情況下，會用其開發(fā)的房屋抵償部分乃至全部工程款。但在實際操作中，受房地產(chǎn)交易法律法規(guī)和政策的約束，這種抵償并不能和一般意義上的以物抵債一樣通過轉移所有權來完成，而是需要承包人聯(lián)系購房人、商談價款后，由開發(fā)商直接與購房人簽訂商品房預售合同并開具發(fā)票，但房款實際是由承包人收取。這種操作方式本身是不規(guī)范的，也容易產(chǎn)生糾紛。一方面，從手續(xù)上看，雖然購房人由承包人指定、價格由承包人確定、房款由承包人收取，但商品房預售合同是發(fā)包人（開發(fā)商）與購房人之間簽訂，發(fā)包人必須按照商品房預售合同的約定對購房人履行義務，同時還必須舉證證明房款已經(jīng)由承包人收取的事實。另一方面，抵償時的房屋價款與商品房預售合同約定的價款之間存在的差額部分如何處理，必須事先作出明確的約定。