跨境電子商務通常是直接針對c端進行全流程設計，與傳統(tǒng)貿(mào)易的b2b相比，其整個貿(mào)易鏈末端的目的國進口清關、派送等環(huán)節(jié)，均沒有可以直接套用的管控模式。從目前主流的跨境電子商務交易方式來看，多數(shù)第三方跨境電子商務平臺會將物流運輸作為衡量電子商務信用的重要指標。
可即便如此，跨境運輸過程中商品的破損、錯寄、漏寄、丟件等問題仍層出不窮。尤其是圣誕節(jié)、萬圣節(jié)、“黑色星期五”“雙11”等促銷力度極大的節(jié)假日，第三方跨境物流難以應對貨物量激增的情形。另外，目的國的政治、社會、自然、基礎設施環(huán)境等因素對跨境物流的影響頗深。例如，德國、巴西、澳大利亞、阿根廷等國家的海關都有過罷工運動，從而使跨境包裹遭延誤，直接影響了后續(xù)物流配送效率。
通關與商檢安全問題主要集中在貨物通關限制、禁止進出口商品目錄、商品歧視、本土保護主義、通關與商檢效率及費用、關稅、腐敗、灰色通關等方面。一是部分賣家對于進口國的監(jiān)管條件了解較少，一些禁止進口或者有條件進口的貨物，沒有提前了解，導致海關查驗和扣貨事件高發(fā)。二是稅務問題混亂，長期以來的“雙清包稅”做法，使得本應該成為納稅責任人的賣家，長期依賴物流服務商解決稅務問題，對相關稅費的核算不甚精通。
無論是前者還是后者，都使得清關成為物流服務商面臨的問題。而最大的變數(shù)，卻是在于進口國的政策變化。當一個國家的進口政策發(fā)生變化，尤其是政策收緊的時候，對于跨境電子商務有關各方而言，往往就意味著風險增大。