這是中國牡丹栽培管理中一項技術(shù)性很強(qiáng)的重要措施。它在很大程度上決定著植株生長熱的強(qiáng)弱、開花品質(zhì)的優(yōu)劣、株形的觀賞效果以及生命周期的長短。因此合理整形，因材修剪，至關(guān)重要。應(yīng)當(dāng)及時除去繁枝贅芽、枯枝、病蟲枝、維持植株有均衡適量的枝條和美觀的株形，使其通風(fēng)透光，養(yǎng)分集中，才能生長旺盛，開花繁茂一致。 主要措施包括如下幾項：
（１）選留枝干牡丹定植后，第一年任期生長，可以根頸處萌發(fā)出許多新芽（俗稱土芽）；第二年春天時，待新芽長至１０左右時，可從中挑選幾個生長健壯、充實(shí)、分布均勻者保留下來，作為主要枝干（俗稱定股），余者全部除掉。以后每年或隔年繼續(xù)選留１～２個新芽作為枝干培養(yǎng)，以使株叢逐年擴(kuò)大和豐滿。每年選留枝干數(shù)量常因品種、株齡及應(yīng)用目的而異。生長勢旺的品種每株可選留５～７枝；生長勢弱、發(fā)枝力不強(qiáng)的品種，可任其生長，多選留幾枝；株齡大者以及為采收繁殖材料（接芽及插穗）者，也應(yīng)適當(dāng)選留，而觀賞用植株可少選留。
（２）酌情利用新芽為使牡丹花大艷麗，常結(jié)合修剪進(jìn)行疏芽、標(biāo)芽工作，使每枝上保留１個芽，余芽除掉，并將老枝干上發(fā)出的不定芽全部清除，以使養(yǎng)分集中，開花碩大。每枝上所保留的芽應(yīng)以充實(shí)健壯為佳。有些品種生長勢強(qiáng)，發(fā)枝力強(qiáng)且成花率高，每枝上常有１～２個甚至３個芽均可萌發(fā)成枝并正常開花，對于這些品種每枝上可適當(dāng)多留些芽，以使增加著花量和適當(dāng)延長花期；而某些生長勢弱、發(fā)枝力弱并且成花率低的品種則應(yīng)堅持１枝留１芽的修剪措施，否則就會造成養(yǎng)分分散，不易開花或開花品質(zhì)低下的結(jié)果。
另外開過花的植株，如不作留種，應(yīng)及時剪去殘花，不使其結(jié)實(shí)，以免徒耗養(yǎng)分。入冬前或早春還應(yīng)當(dāng)剪去每枝上部枯死部分的枝梗。