茶尺蠖小rna病毒5’端非編碼區(qū)的克隆和測序及與哺乳動物小rna病毒的比較分析

發(fā)布時間：2024-07-28

用trizol從純化的茶尺蠖ectropis oblique小rna病毒(eopv)中提取病毒基因組rna，逆轉(zhuǎn)錄后加poly(dt)，然后進行兩步pcr擴增基因組5’端。克隆測序后，對其5’端非編碼區(qū)的核苷酸序列進行分析，發(fā)現(xiàn)具有哺乳動物小rna病毒的5’端非編碼區(qū)的一些特征：a／t含量豐富、起始密碼子上游aug和小順反子多。利用mfold預測了eopv5’端非編碼區(qū)的二級結(jié)構，存在4個莖環(huán)結(jié)構，有哺乳動物內(nèi)部核糖體進入位點(ires)的保守區(qū)域，即含保守基序gnra的莖環(huán)a和a／c豐富的環(huán)b及多聚嘧啶區(qū)域。據(jù)此推測eopv基因組翻譯采用ires起始機制。完成機構：武漢大學生命科學學院，武漢430072