dna甲基化是潛力的早篩及mrd的標(biāo)志物，基于ngs的甲基化檢測(cè)中，重亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化是dna甲基化檢測(cè)的“金標(biāo)準(zhǔn)”，轉(zhuǎn)化率可達(dá)99.5%以上，但重亞硫酸鹽處理會(huì)導(dǎo)致嚴(yán)重的dna損傷、片段化及解鏈。此外，一些低質(zhì)量或嚴(yán)重降解的dna（cfdna、ctdna、ffpe dna、古生菌dna等）中也含有大量的dna單鏈，采用常規(guī)雙鏈建庫，文庫轉(zhuǎn)化效率較低，測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量差。而單鏈建庫可以大幅提高dna原始分子的利用率，提高文庫的復(fù)雜性，在低起始量樣本的甲基化文庫和基因組文庫構(gòu)建中具有顯著的優(yōu)勢(shì)。
圖1. 甲基化單鏈建庫流程圖
甲基化單鏈建庫流程甲基化轉(zhuǎn)化：重亞硫酸鹽（bisulfite）處理dna，使未甲基化的c轉(zhuǎn)化為u；
變性：雙鏈dna變性為單鏈dna；
3’接頭連接：tdt末端轉(zhuǎn)移酶催化單鏈dna的3’羥基端加上同聚物尾巴（poly c），e.coli dna ligase 連接3’接頭；
二鏈合成：dna ploymerase i或klenow fragment進(jìn)行單鏈dna互補(bǔ)鏈合成；
5’接頭連接：t4 dna ligase 連接5’接頭；
文庫擴(kuò)增：耐u高保真dna聚合酶擴(kuò)增，獲取含有完整接頭序列的上機(jī)文庫。
翌圣通過zymeeditor酶改造平臺(tái)對(duì)用于單鏈建庫的全套酶原料進(jìn)行性能提升及工藝優(yōu)化，用于單鏈建庫可顯著提高文庫轉(zhuǎn)化率，助力甲基化檢測(cè)。
性能展示01不同投入量human gdna單鏈建庫，文庫產(chǎn)量更高對(duì)不同投入量的human gdna進(jìn)行亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化，使用翌圣全套建庫酶原料進(jìn)行單鏈建庫，結(jié)果顯示使用翌圣酶原料進(jìn)行單鏈建庫，文庫產(chǎn)量顯著優(yōu)于進(jìn)口品牌（圖2），map率（圖3）及dup率（圖4）與進(jìn)口品牌相當(dāng)。
圖2. 不同投入量gdna建庫產(chǎn)量
圖3.不同投入量gdna map率
圖4.不同投入量gdna dup率
02不同類型樣本進(jìn)行單鏈建庫，文庫產(chǎn)量更高對(duì)cfdna及ffpe dna樣本進(jìn)行亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化，使用翌圣全套建庫酶原料進(jìn)行單鏈建庫，結(jié)果顯示使用翌圣酶原料進(jìn)行單鏈建庫，文庫產(chǎn)量顯著優(yōu)于進(jìn)口品牌（圖5 a），map率（圖5 b）及dup率（圖5 c）與進(jìn)口品牌相當(dāng)。
圖5. 不同樣本單鏈建庫產(chǎn)量、map率及dup率
單鏈建庫解決方案
產(chǎn)品定位 產(chǎn)品名稱 產(chǎn)品貨號(hào)
亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化 hieff® mag dna methylation bisulfite kit 12223es
3’端添加poly c terminal deoxynucleotidyl transferase末端轉(zhuǎn)移酶 10302es
3’接頭連接 e. coli dna ligase (60 u/μl) 14955es
taq dna ligase 11051es
dna二鏈合成 dna polymerase i 12903es
klenow fragment 14458es
klenow fragment (3'→5' exo-) 14460es
5’接頭連接 hieff® quick t4 dna ligase 10301es
pcr文庫擴(kuò)增 hieff canace® uracil+ high-fidelity dna polymerase (1 u/μl) 10145es
完整甲基化建庫試劑盒 hieff ngs® methyl-seq dna library prep kit for illumina® v2 12221es