激光共聚焦顯微鏡和掃描電鏡都是點源逐點掃描成像，通過控制掃描驅(qū)動范圍，調(diào)節(jié)放大倍數(shù)。激光共聚焦顯微鏡是通過激光掃描的方式工作，可以獲得三維圖像。掃描電鏡是利用細(xì)聚焦電子束在樣品表面掃描時激發(fā)出來的各種物理信號來調(diào)制成像的，只能得到二維圖像，不能得到三維圖像。
激光共聚焦顯微鏡利用激光束經(jīng)照明針孔形成點光源對標(biāo)本內(nèi)焦平面的每一點掃描，標(biāo)本上的被照射點，在探測針孔處成像，由探測針孔后的光點倍增管或冷電耦器件逐點或逐線接收，迅速在計算機監(jiān)視器屏幕上形成熒光圖像。
照明針孔與探測針孔相對于物鏡焦平面是共軛的，焦平面上的點同時聚焦于照明針孔和發(fā)射針孔，焦平面以外的點不會在探測針孔處成像，這樣得到的共聚焦圖像是標(biāo)本的光學(xué)橫斷面，克服了普通顯微鏡圖像模糊的缺點。
優(yōu)點：
1、以激光為光源，在相應(yīng)的熒光探針標(biāo)記后，對樣本進(jìn)行逐點掃描，逐層獲得二維光學(xué)橫斷面圖像，具有“細(xì)胞ct”的功能，并可通過計算機三維重建軟件支持，獲得三維圖像，并可以任意角度旋轉(zhuǎn)，觀察細(xì)胞，組織立體形態(tài)和空間關(guān)系;
2、可對細(xì)胞膜的流動性，細(xì)胞間通訊，細(xì)胞融合，細(xì)胞骨架彈性測量等，這一技術(shù)可以對活細(xì)胞和組織進(jìn)行原位動態(tài)定量的觀察和測量。
3、可以對活細(xì)胞和組織進(jìn)行無損傷的觀察，動態(tài)測量細(xì)胞內(nèi)的ca離子濃度和ph值等活細(xì)胞生理信息。